Os trabalhos publicados no BEPA passam por processo de revisão por pares, realizado por especialistas na temática dos manuscritos submetidos. A equipe editorial faz uma análise inicial, e os trabalhos que não atendem aos padrões do periódico, bem como às normas de submissão, são devolvidos aos autores para adequação e nova submissão.
Cumpridas as normas, os artigos originais e de revisão sistemática/metanálise são encaminhados a dois pareceristas, sempre de instituições distintas daquela de origem dos artigos, para iniciarem o procedimento de avaliação duplo-cego dos manuscritos. Os avaliadores preenchem o formulário padrão com opções pré-determinadas, no qual existe um campo aberto para justificativa da decisão final, aceitando, recusando, recomendando correções e adequações.
Após receber os pareceres, os editores, que detêm a decisão final sobre a publicação ou não dos trabalhos, avaliam a aprovação dos artigos, a aprovação com modificações necessárias ou a reprovação.
Caso tenha sido aprovado, após a revisão textual, a prova da versão diagramada é enviada para o autor responsável pela revisão final do layout (nessa etapa não poderão ocorrer alterações de conteúdo), o qual deverá responder em 15 dias. Ao final desse prazo, mesmo sem resposta do autor, o manuscrito será considerado aprovado para publicação.
Tempo médio para publicação: 90 dias.