Análise genômica comparativa de isolados clínicos e ambientais de Klebsiella pneumoniae produtoras de carbapenemases no contexto da Saúde Única

Resumo

O complexo de espécies Klebsiella pneumoniae (KpSC) é composto por microrganismos ubíquos, que podem causar
infecções hospitalares. A espécie de maior destaque é K. pneumoniae sensu stricto, classificada pela organização mundial da saúde (OMS) como patógeno bacteriano prioritário para pesquisa e desenvolvimento de novos antimicrobianos. Essa espécie apresenta uma plasticidade genômica e elevada capacidade de aquisição, e transferência de genes de resistência aos antimicrobianos. Nesse contexto, nosso estudo teve como objetivo realizar uma análise comparativa das características fenotípicas e genotípicas de isolados clínicos e ambientais de KpSC. As amostras foram coletadas nas quatro estações do ano, no período de 2022-2023, em um hospital pediátrico terciário, sendo incluídos 33 isolados resistentes aos carbapenêmicos. Destes, sete isolados clínicos (cinco amostras de sangue e duas de swab retal) e 26 isolados de efluente hospitalar. A identificação foi realizada por MALDI-TOF MS e o teste de susceptibilidade aos antimicrobianos por microdiluição em caldo. O DNA genômico foi extraído e sequenciado em plataforma Illumina NextSeq 1000. A espécie prevalente foi K. pneumoniae sensu stricto (51,5%), seguida de K quasipneumoniae subsp. similipneumoniae (45,5%). Quanto à resistência aos carbapenêmicos, 100% dos isolados foram resistentes ao ertapenem, 48,5% resistentes ao imipenem e 45,5% resistentes ao meropenem. Esse perfil de resistência se justifica pela presença dos seguintes genes: bla_KPC-2 (91%), bla_NDM-1 (6,0%) e bla_KPC-3 (3,0%). Foram identificadas oito sequências tipo (STs): ST3318 (27,3%), ST392 (24,2%), ST11 (15,2%), ST367 (15,2%), ST872 (9,1%), ST530 (3,0%), ST735 (3,0%) e uma nova combinação de alelos o ST7147 (3,0%). O ST392 foi encontrado tanto em amostras clínicas quanto ambientais em diferentes períodos, revelando uma possível disseminação horizontal entre nichos ecológicos. A presença de bactérias resistentes em efluente hospitalar é considerada um problema de saúde pública no contexto da Saúde Única, pois esses contaminantes são liberados em águas superficiais e podem persistir, favorecendo a transmissão horizontal de genes de resistência.