Circulação críptica do vírus da encefalite Saint Louis no Sudeste do Brasil detectada por meio de coleta de culicídeos durante o surto de Febre Amarela

Abstract

O Brasil é uma grande fonte de diversidade de arbovírus, principalmente na região Amazônica. No entanto, outros biomas, especialmente a Mata Atlântica, também podem ser um “hotspot” para vírus emergentes. Entre eles, o vírus da encefalite de Saint Louis (SLEV) é um importante vírus reemergente devido à manifestação neurológica em humanos. O SLEV é transmitido por numerosas espécies de mosquitos do gênero Culex e é amplificado por espécies de aves passeriformes e columbiformes. No Brasil, há poucos casos humanos descritos e seu ciclo ecológico é pouco compreendido. Durante o recente surto do vírus da Febre Amarela, um total de 3.763 pools de culicídeos foram coletados em diferentes partes do estado de São Paulo, e separados por espécie, local e data. O gênero Flavivirus foi detectado usando um RT-qPCR pan-flavi. Amostras positivas foram inoculadas em células C6/36, seguidas de ensaio de imunofluorescência. Além disso, foi realizada metagenômica utilizando a plataforma MinIon. As sequências geradas foram alinhadas usando MAFFT e a árvore de máxima verossimilhança foi inferida usando o software IQ-tree com 1000 réplicas de bootstrap ultrarrápidas, a qual revelou a ocorrência do genótipo III nos mosquitos coletados nas cidades de Araçatuba e São José do Rio Preto. Análises filogenéticas coalescentes indicaram que o genótipo III emergiu em meados dano de 1906 (1894 – 1920 com 95% de HPD), enquanto o tempo do ancestral comum mais recente (TMRCA) para o genótipo V em São Paulo ocorreu em 1938 (1925 – 1950 com 95% de HPD), provavelmente introduzido a partir da Bacia Amazônica. Aqui relatamos o isolamento e os achados genéticos de genótipo III do SLEV no estado de São Paulo detectados em Sabethes, Aedes scapularis e Aedes aegypti coletados durante o surto de YFV 2016 – 2018 em locais urbanos. Este genótipo parece estar restrito ao estado de São Paulo, e os casos humanos provavelmente não são detectados.