Caracterização do contexto genético de genes blaESBL de sorovares de Salmonella spp. de origem humana e não-humana no estado de São Paulo

Abstract

Atualmente, é preocupante o aumento da incidência de infecções causadas por salmonelas produtoras de ESBL, pois são resistentes à maioria dos antimicrobianos beta-lactâmicos e outras classes antimicrobianas, e esses genes são carreados em sua maioria por elementos genéticos móveis, como plasmídeos transferíveis e transposons, facilitando sua disseminação na comunidade. O presente estudo teve como objetivo caracterizar o contexto genético de genes bla_ESBL de sorovares de Salmonella spp. isoladas de diversas fontes de origem no estado de São Paulo. Foram analisadas 15 cepas positivas para bla_ESBL (bla_CTX-M-2; n = 8; bla_CTX-M-8; n = 5, bla_CTX-M-65; n = 1; e bla_CTX-M-55; n = 1) do período de 2010-2020, de origem humana, aviária, alimentar e ambiental recebidas no Centro de Bacteriologia (IAL). A extração de DNA bacteriano foi realizada utilizando o Kit Wizard Genomic DNA Purification Kit. O sequenciamento do genoma completo foi realizado utilizando a plataforma Ion Torrent S5. Para a caracterização plasmidial de cepas representativas de cada gene bla, foi realizado o sequenciamento long-reads (MinION). A tipagem do grupo plasmidial (Inc) e sequence type do plasmídeo (pMLST) foram realizadas utilizando as ferramentas PlasmidFinder e pMSLT, respectivamente, do servidor CGE. As sequências de inserção (IS) e o contexto genético dos genes bla_ESBL foram caracterizados na ferramenta ISFinder e no software Bionumerics 8.0. De acordo com análise genômica, o gene bla_CTX-M-2 é carreado por plasmídeos IncHI2/NT, bla_CTX-M-8 (IncI1/ST113), bla_CTX-M-65 (IncFIB/NT) e bla_CTX-55 (IncFII/F33:A-:B-). Em relação ao contexto genético, em todos os isolados, o gene bla_CTX-M-2 é flanqueado por ISCR1 a montante e ORF3/qacEΔ1 e sul1 a jusante. O contexto genético de bla_CTX-M-8, bla_CTX-M-65 e bla_CTX-M-55 consiste em um transposon composto de IS26, contendo variações na composição intermediária específica de cada gene. Nossos resultados ressaltam a importância do monitoramento de genes de resistência antimicrobiana que podem ser disseminados por plasmídeos conjugativos, os quais desempenham um papel crucial na plasticidade bacteriana.